Conceição da Barra é um dos mais antigos municípios do estado do Espírito Santo. E como todo núcleo primitivo, nasceu em razão de um porto determinante geograficamente para a fundação da cidade.

Sua fundação data de 1554, quando os portugueses organizaram expedições para afastarem os índios das circunvizinhanças de Vila Velha, local onde se estabelecera, o donatário Vasco Fernandes Coutinho. Vindos do mar, os portugueses aportaram ao norte da foz de um grande rio, chamado pelos índios de Kiri-Kerê. Receosos do ataque dos selvagens os europeus permaneceram no litoral. Entretanto, os indígenas que habitavam a região, pertenciam a tribo Guaianá, de índole pacífica.

Esses índios chamavam os brancos de "moab" que significa homem de calça. Devido a situação geográfica o novo núcleo foi denominado “Barra”. A povoação logo prosperou devido ao intenso tráfego de navios, procedentes da Bahia e de Pernambuco, que nela aportavam, escoando nele produtos e mão-de-obra escrava.

Em meados de setembro de 1596, a povoação de “Barra” recebeu a visita do venerável e hoje Santo - Pe. José de Anchieta. Anchieta visitou também a povoação no Vale do Cricaré, no dia 21 de setembro do mesmo ano e como era costume denominar as terras e os acidentes geográficos com o nome do Santo do dia, Anchieta trocou o nome do rio para São Mateus e deu a povoação o mesmo nome. E com essa troca de nomes, o núcleo populacional da margem esquerda, passou a se chamar-se “Barra de São Mateus”.

A povoação da Barra de São Mateus muito contribuiu para o desenvolvimento da Capitania do Espírito Santo. Segundo o poema do Pe. José de Anchieta, onde descreve a "Batalha do Cricaré", foi nas águas do rio que banha o município, que Fernão de Sá, filho de Mens de Sá, ferido perdeu a vida, quando lutava pela expulsão dos franceses.

O porto marítimo de Barra de São Mateus, juntamente com o porto de Vila de São Mateus (atual município de São Mateus), eram juntos uma espécie de complexo portuário, sendo o de Vila de São Mateus um anexo fluvial ao porto marítimo de Barra de São Mateus (atual município de Conceição da Barra). Segundo Russo (2011, p.18) que completa dizendo que o “Porto da Barra servia de ancoradouro para embarcações de grande porte, que transitavam a costa brasileira”. Ainda segundo Russo, esse relação portuária entre São Mateus e Conceição da Barra, aliada a vocação agrícola voltada para a produção de farinha de mandioca foi o vetor do desenvolvimento regional ao longo do século XIX.

Em ato datado de 11 de agosto de 1831, Barra de São Mateus foi instituída paróquia, sob a invocação de Nossa Senhora da Conceição, cuja imagem era venerada numa rústica capelinha erguida nos primórdios da colonização, onde se encontra até os dias de hoje. Foi elevada a categoria de Vila por resolução do Conselho do Governo datado de 2 de Abril de 1833.

Por decreto provincial nº 4, de 04/07/1861, é criado o distrito de Itaúnas e anexado a Barra de São Mateus. Pelo Decreto nº 28, de 19 de setembro de 1891, recebeu o foro de cidade. A solenidade da instalação da cidade deu-se a 6 de outubro do mesmo ano, ficando estabelecido por lei, este dia, para se comemorar o Dia do Município. A cidade recebeu a denominação de CONCEIÇÃO DA BARRA, sendo o primeiro nome uma homenagem a padroeira e o segundo, lembrando o primeiro nome que os portugueses deram a povoação. Nesta época, Conceição da Barra possuia um território de aproximadamente 2.303,243 km².

A dia 10 de junho de 1892, foi criada a comarca do novo município, que teve como Juiz de Direito o Dr. Carlos Gonçalves, mais tarde suprimida em face do disposto na Lei Estadual n.º 438 de 25 de setembro de 1900 e restabelecida pela Lei Estadual n.º 463 de 30 de janeiro de 1951.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de dois distritos: Sede e Itaúnas. Assim permanecendo em divisões territoriais de 31/12/1936 e 31/12/1937.

No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 2 distritos: Conceição da Barra e Itaúnas. Pela lei estadual nº 265, de 22/10/1949, é criado o distrito de Taquaras com território desmembrado da sede, subordinado ao município de Conceição da Barra.

Em divisão territorial datada de 01/07/1950, o município é constituído de 3 distritos: Conceição da Barra, Itaúnas e Taquaras. Assim permanecendo em divisão territorial até data de 30/12/1955, quando foi criado o distrito de Barrinha, permanecendo assim até 01/07/1960.

Em 29 de dezembro de 1953, por Lei Estadual nº 779 é emancipado de Conceição da Barra o povoado de Mucuri, tornando-se hoje o município de Mucurici.

Pela lei estadual nº 1931, de 07/01/1964, é criado o distrito de Vinhático e anexado ao município de Conceição da Barra. Neste mesmo ano, em 22/04 e por Lei Estadual, é emancipado o Distrito de Barrinha, tornando-se hoje o município de Pinheiros.

Em divisão territorial datada de 01/01/1979, o município é constituído de quatro distritos: Sede, Itaúnas, Taquaras e Vinhático.

Pela lei estadual nº 3383, de 27/11/1980, o distrito de Taquaras passou a denominar-se Pedro Canário. Em divisão territorial datada de 31/08/1983, o município é constituído de quatro distritos: Conceição da Barra, Itaúnas, Pedro Canário e Vinhático.

Pela lei estadual nº 3623, de 23/12/1983, desmembra do município de Conceição da Barra, o distrito de Pedro Canário. Elevado à categoria de município. Em divisão territorial datada de 18/08/1988, o município é constituído de dois distritos: Conceição da Barra e Itaúnas.

Pela lei estadual nº 4075, de 11/05/1988, é criado o distrito de Braço do Rio e anexado ao município de Conceição da Barra. Em divisão territorial datada de 01/06/1995, o município é constituído de três distritos: Conceição da Barra, Braço do Rio e Itaúnas.

Em 2011, o Executivo propôs e a Câmara Municipal aprovou a criação do Distrito do Cricaré, integrado pelas comunidades ribeirinhas de ambas as margens do Rio Cricaré, pela Lei nº 2.586 de 05 de agosto.

Em divisão territorial, o município é constituído de 4 distritos: Sede, Itaúnas, Braço do Rio e Cricaré. Passando hoje a ter um território de 1.184,944 km².